海洋环境是人类赖以生存和发展的重要组成部分，包括海洋水体、海底以及海水上方的大气空间，以及同海洋密切相关，并深受海洋影响的沿岸、港口和河口在内的自然环境。船舶对海洋环境的污染造成的危害主要有以下三个方面：

对海洋生物和水域环境的危害

船舶污染对各种海洋生物的影响是灾难性的。在发生船舶污染后, 有些海洋生物丧失或改变其肢体器官功能和繁殖能力：还有些海洋生物数量锐减，面临灭绝的危险，海洋生物多样性减少。如石油进入海洋，由于石油比水轻，在海面形成一层油膜，油膜覆盖海面，制造大片海洋“沙漠”。研究表明：1升石油在海洋中，到完全淡化大约需要消耗海水中40万升的溶解氧。1吨原油能覆盖12平方千米的海面，扩散速度为100-300米/小时，通常要3-12个月才能恢复原貌。油膜不但隔绝了大气与海水气体交换，还减少了太阳光透入海水的能量。这种耗氧和隔绝会导致水体严重缺氧，妨碍了水生生物的光合作用，使鱼类等生物因缺氧而死亡，油膜凝聚以后的物质还是潜伏在海洋中的长期杀手。据报道，近50年来因石油类污染已有1000多种海生生物灭绝，海洋生物已减少了近40%。由压载水入侵生物传播，已被国际海事组织宣布为海洋面临的四大危害之一。外来海洋生物一旦入侵到新的适宜生存的区域中，不但诱发赤潮，还大量繁殖，掠夺当地生物的食物，造成有害寄生虫和病原体的大面积迅猛传播，甚至引发本地物种灭绝，使海洋生态系统的结构与功能受到严重的破坏。

对人体健康的危害

船舶污染物中许多物质进入海洋后不易分解消除。不仅直接危害水生生物，经生物富集，还会通过食物链进入人体，其中的有毒物质损害人体健康。如有毒物品：氰化物和汞、镉等多种重金属化合物及砷等非金属化合物，一旦进入生物体就会使细胞及多种酶失去正常生理功能，使生物病变，甚至死亡。若经食物链进入人体，对人体危害也是致命的。此外，还会导致近海港区水质恶化、发臭,也会使周边居民的健康受到影响。

巨大的经济损失

船舶污染所造成经济损失是非常巨大的, 如油污染其直接损失是每年大约600万吨石油流入海洋, 价值数千万美元,为消除损害花费更为巨大。同时还对沿海旅游业、渔业等及环境资源可持续利用产生消极的影响。2002年, 西班牙为清理“威望号”漏油污染耗资10 亿美元，当地的旅游业和渔业受到灾难性的影响，生态环境的恢复将需要长达几十年的时间。据2004年度《中国渔业生态环境状况公报》显示: 2004年我国渔业生态因受到石油类等各种污染的影响, 渔业经济损失达36.5亿元。